Pandemik COVID-19 di Estonia ialah sebahagian dari pandemik seluruh dunia dari penyakit koronavirus 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh koronavirus sindrom pernafasan akut teruk 2 (SARS-CoV-2). Virus tersebut disahkan mencapai Estonia semasa kes pertama disahkan di Tallinn pada 27 Februari 2020. Pada 11 Mac, 15 orang di Estonia didiagnosis mengidap virus tersebut, semuanya dijangkiti di luar negara tersebut, terutama di Itali Utara. Pada 12 Mac, kes penularan tempatan pertama timbul. Pada 13 Mac, pemerintah Estonia mengisytiharkan darurat sehingga 1 Mei 2020. Akibatnya, semua sekolah dan universiti ditutup, dan semua mesyuarat awam dihentikan, termasuk acara sukan dan kebudayaan.